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撤销程序的设立对加快专利权的授予起到了积极作用，但是经过几年来的实践，发现撤销程序也存在如下一些问题。
第一，撤销程序和无效宣告程序存在某些区别，包括启动程序的时间不同、提出请求的理由有一部分不同、国家知识产权局对两种请求进行审查的部门不同、适用的程序有所不同等等，但撤销程序和无效宣告程序总的来说是一种程序上的重复设置，这体现在撤销程序和无效宣告程序都是使国家知识产权局纠正不当授权而设置的程序，宣告专利权无效的理由中包含了撤销专利权的全部理由，因此撤销程序的作用可以通过无效程序来实现。
第二，根据第一次修改后的专利法，一项专利权的最终确定有可能需要经过以下程序：撤销程序，即任何人可以在公告授予专利权之日起的六个月内提出撤销请求，对撤销程序的决定不服的可以请求复审，对发明专利的复审决定不服的还可以向人民法院起诉，对一审判决不服的可以上诉；
无效程序，任何单位和个人可以在公告授予专利权之日起的六个月之后提出无效宣告专利权请求，对宣告发明专利无效或者维持发明专利的决定不服的还可以起诉，对一审判决不服的还可以上诉。如此众多的程序导致专利权长时间处于一种不确定的状态，使专利权人无法有效地行使权利。有些侵权人故意利用上述程序拖延时间，逃避侵权责任。